Dziedzina historii filozofii i związanych z nią nauk humanistycznych, przyrodniczych i ścisłych stanowi najważniejszy, sądząc po liczbie publikacji, obszar badawczy pracowników Instytutu Filozofii UZ. Wpisuje się on zakresowo w cele związane z zachowaniem niematerialnego dorobku ludzkości, kultury europejskiej i Polski. Najważniejsze dziedziny, w których wkład pracowników Instytutu można uznać za znaczący, to: historia filozofii w Polsce (ze szczególnym uwzględnieniem historii etyki), historia filozofii rosyjskiej (zwłaszcza przełom XIX i XX w.), historia logiki (także z uwzględnieniem prac Polaków), historia recepcji filozofii starożytnej (ze szczególnym uwzględnieniem Polski i historii filologii klasycznej). We wszystkich tych obszarach pracownicy Instytutu publikowali nieznane wcześniej, źródłowe materiały archiwalne, przekłady, opracowania i oryginalne studia.

Kolejny ważny obszar badań stanowią zastosowania filozofii i szerzej, humanistyki dla życia i rozwoju społecznego. W zainteresowania pracowników Instytutu wchodzi tutaj coaching i doradztwo filozoficzne, nie tylko jako przykłady użyteczności studiów humanistycznych i filozoficznych, ale także jako ważne czynniki indywidualnego i społecznego dobrostanu. Z obszarem tym wiążą się dziedziny etyki i zagadnienia dydaktyki filozofii. W ramach problematyki zastosowań logiki prowadzone są badania nad jej związkami z naukami ścisłymi.

Ostatni z ważnych obszarów badań pracowników Instytutu stanowi problem sporu ateizmu z teizmem. Jest to obszar badawczy istotny ze względów poznawczych, ale stanowi także kluczową tematykę pod względem społeczno-kulturowym.