Przed powstaniem Instytutu filozofowie zielonogórscy pracowali w Zakładzie Filozofii Instytutu Pedagogiki Społecznej na Wydziale Pedagogiki Wyższej Szkoły Pedagogicznej im. Tadeusza Kotarbińskiego. Zielonogórskie środowisko filozoficzne rozwinęło się znacznie, gdy w 1995 roku ówczesny rektor WSP, prof. Baksalary, zdecydował się zatrudnić kilku profesorów z zewnątrz (Andrzeja Wiśniewskiego, Wojciecha Sadego, Kazimierza Jodkowskiego i - nieco później - Adama Groblera) oraz kilku młodych doktorów (Marka Piechowiaka, Wojciecha Żełańca i Beatę Frydryczak). Wcześniej pracowali już profesorowie Ryszard Palacz, Jan Kurowicki i Włodzimierz Kaczocha, a prof. Robert Leszko przeszedł z Instytutu Matematyki. Instytut Filozofii powstał 1 października 1995 r. w wyniku tych zmian. Pierwszym dyrektorem Instytutu był prof. UZ dr hab. Krzysztof Kaszyński.

W roku akademickim 1996/1997 zostały otwarte w WSP TK stacjonarne, pięcioletnie studia magisterskie w zakresie filozofii. W roku akademickim 2000/2001 zostały uruchomione 3-letnie licencjackie studia zawodowe w zakresie filozofii ze specjalnością wiedza o społeczeństwie, a w roku akademickim 2003/2004 dodatkowo pięcioletnie studia magisterskie w zakresie filozofii ze specjalnością komunikacja i współdziałanie społeczne (studia te zostały parę lat później zamknięte z powodu niezgodności z uchwaloną przez Sejm ustawą o szkolnictwie wyższym) oraz 2-letnie studia magisterskie uzupełniające w zakresie filozofii. Ponadto w roku akademickim 2002/2003 zostały otwarte zaoczne, 3-letnie licencjackie studia zawodowe w zakresie filozofii.

Centralna Komisja do spraw Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych z dniem 27.03.2000 r. przyznała Instytutowi Filozofii WSP TK uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie "filozofia". W roku akademickim 2000/2001 odbyły się pierwsze obrony rozpraw doktorskich w IF. Do dzisiaj stopień doktora filozofii uzyskały w Zielonej Górze 23 osoby.

W uznaniu wysokiej jakości kształcenia Konferencja Rektorów Uniwersytetów Polskich na wniosek Uniwersyteckiej Komisji Akredytacyjnej w dniu 23 marca 2002 r. udzieliła kierunkowi "filozofia" początkowo dwuletniej akredytacji, a po dwóch latach - pięcioletniej.

Zielonogórski ośrodek filozofii znany jest dzisiaj w Polsce przede wszystkim z pracy dwóch zespołów badawczych. Jeden z nich zajmuje się relacją "nauka a religia", drugi zaś - filozofią rosyjską. Pracownicy Instytutu są zwycięzcami konkursów grantowych, uczestniczą w międzynarodowych i krajowych konferencjach naukowych, publikują w najlepszych czasopismach oraz wydają specjalistyczne serie książkowe.

Poczet Dyrektorów

Prof. UZ dr hab. Krzysztof Kaszyński (1995-1996; 2002-2005)

Prof. dr hab. Andrzej Wiśniewski (1996-1999)

Prof. dr hab. Kazimierz Jodkowski (1999-2002)

Prof. dr hab. Lilianna Kiejzik (2005-2017)

Prof. UZ dr hab. Jacek Uglik (2017-)